1938年1月至1939年10月，这一时期是东北抗日联军在极其艰苦的环境下继续坚持抗日游击战争的时期。自1937年以来，日本侵略者为了巩固侵华战争的后方基地，不断往东北增兵，关东军由20万猛增至40万。到1938年，日本在东北的兵力已达8个师团，并有伪军和警察大队数万人。日伪当局以强大的兵力对抗联部队进行连续不断地”讨伐”;同时极力强化它在城乡的法西斯统治。在城镇它们疯狂屠杀共产党人和爱国者，摧毁抗日救国组织，严密控制人民活动;在农村它们加紧推行”集团部落”政策，把分散居住的农户强行迁到它控制的”部落”中去，实行保甲制、连坐法;在抗日游击区它们实行惨无人道的烧光、杀光、抢光的”三光政策“，制造无人区，割断抗联部队与人民群众的联系，断绝抗联部队的给养来源，加紧经济封锁、政治诱降。同时，也加大军事讨伐力度。1937年底，日军第4师团、第10师团全部和第8师团一部共25000余人，配以伪军20000人，对松花江下游地区(伪三江省)三江平原的抗联第二路军实行”讨伐”。中共吉东、北满两省委分别作出决定，除留部分队伍在原地活动，坚持斗争外，主力部队冲破敌人包围，到外线作战，开辟新游击区。1938年7月，第2路军主力部队开始西征，向五常、舒兰一带突进。但是在7月31日，时任5军政治部主任宋一夫在西征途中携款叛变投敌，供出了我军西征计划，2路军西征虽打乱了敌人的重点”讨伐”部署，但部队损失严抗联战士照片重，未能实现预期目的。与此同时，北满抗联部队的4个军(3、6、9、11军，后来的第3路军)也于1938年8月开始实行远征，向位于小兴安岭西麓嫩江流域的黑嫩平原挺进。北满抗日部队的远征，粉碎了敌人”聚歼”抗联部队于松花江下游的图谋，保存了主力，为开辟黑嫩平原抗日游击区、组建第3路军奠定了基础。

抗联第1路军的形势非常严峻，军需给养无源，南满游击区遭到破坏，1938年初，不得不离开本溪、宽甸、枑仁游击区，向辑安老岭山区转移。1938年6月29日，抗联第1军第1师师长程斌叛变，向敌人供出了1路军的行动计划，使第1路军行动更加困难。为适应形势的变化，1路军领导于1938年8月后，召开了紧急会议，决定取消1、2军番号，实行新的建制，将1路军编成3个方面军、1个警卫旅，杨靖宇任总司令兼政委，魏拯民任副总司令兼政治部主任。

1939年2、3月间，日伪军出动6000余人对牡丹江下游刁翎一带的第2路军部东北抗日联军第三军二团政委赵一曼队实行”围剿”。

1939年5月，北满抗联部队的4个军，在德都朝阳山后方基地正式成立了抗联第3路军，并相继建立了龙北、龙南两个地区性的指挥部，分别指挥各部队，以突袭方式攻击敌人薄弱环节，屡屡获胜。

1939年10月，日本关东军司令部调集了75000人的兵力，开始对东南满地区杨靖宇领导的部队实行重点”讨伐”，部队减员很大。

1939年10月至1941年底，东北抗日联军陷入了敌人重重包围的极端困苦时期。杨靖宇领导的第1路军各部指战员们，在缺衣少食的条件下，冰天雪地之中吃树皮、嚼草根，与超过自己几十倍的敌人频繁作战、坚持斗争、苦苦周旋，部队减员过大，无法补充，困难日益加重，游击战争遭到严重挫折，杨靖宇同志不幸于1940年2月23日在蒙江县境内保安村三道崴子被日伪军层层包围最后壮烈牺牲。魏拯民抱病出征，继续指挥战斗。鉴于形势的恶化，魏拯民于1940年3月13日至15日，主持召开了中共南满省委和第1路军领导干部会议，根据会议的决定，第1路军所属部队进一步化整为零，进行分散游击，伺机歼敌，并提出加强地方党的工作要求，第1路军至此开始了小股部队分散活动打击敌人的游击战争。

第2路军由于部队给养极端缺乏，战斗频繁，部队大量减员无法补充，和1路军一样，遭到严重挫折。

第3路军与1、2路军的情势相差无几，因敌我力量相比悬殊，兵员无法补充，战斗到1940年2月，第3路军只存500余人。

抗日联军巴彦县黑山密营

东北抗日联军遭受了空前的严重困难和挫折，东北党组织和抗联领导人于1940年1月底至2月初，在苏联伯力举行了吉东、北满党代表会议，总结了东北游击运动的经验教训，确定今后斗争策略，形成了《关于东北抗日救国运动的新提纲草案》，规定了继续坚持东北抗日游击战争的战斗任务。并根据斗争形势，建议东北抗联各路军下一律实行支队建制，在路军以下设”支队-大队-中队-小队”，开展激动灵活的分散的小型游击战争。拟将第1路军编为第1、4、7支队;第2路军编为第2、5、8支队;第3路军编为第3、6、9、12支队。同时与苏方代表会商，正式确立了苏联远东军援助东北抗日联军的方式。

1940年4月上旬，第2路军总指挥周保中向第7军传达了吉、北两省委党代表会议精神，将第7军改编为第2路军第2支队。支队长王汝起，副支队长刘雁来，政委王效明。

1940年4月中旬，冯仲云就任第3路军政治委员，在张寿篯(李兆麟)的主持下，正式将第3路军所属部队改编为第3、6、9、12支队。

1941年3月中旬，第1路军第2方面军在东宁县境改编为抗日联军第1支队。

1940年11月至1941年12月，因抗联部队损失严重，抗联第1路军、第2路军和第3路军大部，相继越界到苏联境内进行休整，东北战场上只留下了少数小股抗联部队同敌人作战，进行游击活动。抗联密营苏联远东军援助东北抗日联军正式关系的确立，为抗联部队休整创造了有利条件。1941年12月，太平洋战争爆发，世界反法西斯统一战线正式形成。在新的国际形势下，抗联领导人经过反复讨论，决定以主要精力对部队进行整训，保存部队实力，提高部队素质，作好战斗准备，迎接最后打败日本侵略者，光复中国东北的战斗。

从1936年中共满洲省委取消后至1942年，东北党组织几乎与中共中央失去了一切联系，这一时期全国都在进行抗日斗争，处于极其艰苦的时期，东北的抗日斗争已成为局部的斗争。

1942年8月1日，东北抗日联军在苏联正式组成东北抗日联军教导旅(亦称苏联远东方面军步兵第88旅)，周保中任旅长，张寿篯(李兆麟)任政治副旅长，崔石泉(崔庸健、朝鲜国籍)任参谋长。下辖4个教导营、2个直属连(迫击炮、通讯)。同年9月13日，在原东南满、吉东、北满等党组织基础上，成立了统一的中共东北党组织特别支部局执行委员会(简称”东北党委员会”)，并千方百计与中共中央取得联系、听候指示。按照正规军建设的要求和战时需要，结合东北抗日游击战争的实际，在苏军的帮助下，对指战员进行系统的现代化军事训练，包括爆破、空降、滑雪、通信等特殊技能的训练，为最后胜利进军东北，光复国土奠定了基础。抗联教导旅照片

在苏联境内整训的3年多时间里，教导旅一边整训，一边从营地陆续派出小部队返回祖国东北进行敌情侦察和各种游击活动，收集大量情报，对抗联部队配合苏军进军中国东北，最后战胜日本帝国主义，起到了重要作用。

1944年，在中国抗日战争敌后战场上，八路军和新四军开始进行局部反攻。到1945年上半年，已将日本侵略军围困于华北、山东、苏北、苏南等几个大中城市和交通沿线的狭小地带，冀热辽区的部队挺进到热河作战。

1945年5月8日，德国法西斯投降，日本帝国主义更加孤立。1945年8月8日，苏联正式对日宣战，并派出远东军进入东北战场。在苏联整训的东北教导旅空降人员和在东北各地坚持游击战争的部队，以及执行侦察任务的部队、抗联地下工作干部组织的军队，积极配合苏军作战，打击日本侵略军。1945年8月15日，日本宣布无条件投降，东北抗日联军部队利用与苏军配合作战的有利条件，迅速占领了长春、哈尔滨、沈阳、吉林、佳木斯、齐齐哈尔、延吉、北安、绥化、海龙等70余座大中城市和县镇，并在苏军配合下，发动群众，摧毁敌伪势力，扩建部队，维护社会秩序，保卫抗战胜利成果，接应八路军、新四军部队挺进东北，建立巩固的东北根据地。

1945年9月，中共中央东北局成立。1945年10月20日，周保中、崔石泉(崔庸健、朝鲜国籍)等向东北局移交了组织关系，中共东北党委员会完成了历史使命即行撤销。1945年11月3日，中共中央决定，将东北抗联与挺进东北的八路军、新四军合并，改编为东北人民自治军，林彪任总司令，彭真任第一政治委员，罗荣桓任第二政治委员，吕正操、周保中、肖劲光任副总司令。。1946年1月，又改称为东北民主联军。